1/4 кубка России (15 апреля)

"Спартак" — "Динамо"  0:3

"Рубин" — "Сибирь" 2:0

1/4 кубка России (22 апреля)

"Локомотив" — ЦСКА

"Москва" — "Томь"

1/8 кубка России (24.09.2008г.)

"Шинник" Ярославль - "Спартак" Москва 1:2

цска Москва - "Балтика" Калининград 1:0

"Локомотив" Москва - "Витязь" Подольск 1:0

"Динамо" Москва - СКА Ростов-на-Дону 2:0

"Москва" - "Терек" Грозный 3:0

 "Томь" Томск - "Волга" Ульяновск 2:2 (п.4:1)

"Крылья Советов" Самара - "Сибирь" Новосибирск 0:2

"Рубин" Казань - "Амкар" Пермь 0:0 (п.4:1)

1/16 кубка России (06.08.2008г.)

Смена - Рубин 1 : 1 (3:5 П)

СКА-Энергия - Амкар 1 : 1 (1:4 П)

Сибирь - Зенит 1 : 0  

Газовик О - Крылья Советов 2 : 2 (3:5 П)

Анжи - Терек 2 : 3  

КАМАЗ - Томь 1 : 5  

Волга НН - Сатурн 1 : 1 (4:3 П)

Алания - Москва 1 : 3  

СКА Р/Д - Химки 3 : 2 ДВ 

Витязь - Спартак Нч 2 : 1  

Металлург Лп - Локомотив М 0 : 2  

Торпедо Вл - цска 1 : 4  

Динамо Бр - Спартак М 1 : 2  

Салют-Энергия - Шинник 0 : 1  

Балтика - Луч-Энергия 3 : 0  

Кубань - Динамо М 0 : 1